SPECIFYING RANGES typo fix: it it => it is
[gitweb.git] / Documentation / user-manual.txt
index 03736bbcd3ebfd5e1cbe6a006acb2b31411af527..13db9699c1b7daceaa7fa932972d809e52eb1f42 100644 (file)
@@ -1,8 +1,8 @@
-Git User's Manual
-_________________
+Git User's Manual (for version 1.5.1 or newer)
+______________________________________________
 
 This manual is designed to be readable by someone with basic unix
-commandline skills, but no previous knowledge of git.
+command-line skills, but no previous knowledge of git.
 
 Chapter 1 gives a brief overview of git commands, without any
 explanation; you may prefer to skip to chapter 2 on a first reading.
@@ -23,12 +23,14 @@ pages.  For a command such as "git clone", just use
 $ man git-clone
 ------------------------------------------------
 
+[[git-quick-start]]
 Git Quick Start
 ===============
 
 This is a quick summary of the major commands; the following chapters
 will explain how these work in more detail.
 
+[[quick-creating-a-new-repository]]
 Creating a new repository
 -------------------------
 
@@ -50,11 +52,12 @@ $ git clone git://example.com/pub/project.git
 $ cd project
 -----------------------------------------------
 
+[[managing-branches]]
 Managing branches
 -----------------
 
 -----------------------------------------------
-$ git branch        # list all branches in this repo
+$ git branch        # list all local branches in this repo
 $ git checkout test  # switch working directory to branch "test"
 $ git branch new     # create branch "new" starting at current HEAD
 $ git branch -d new  # delete branch "new"
@@ -84,7 +87,7 @@ $ git branch -r               # list
   origin/master
   origin/next
   ...
-$ git branch checkout -b masterwork origin/master
+$ git checkout -b masterwork origin/master
 -----------------------------------------------
 
 Fetch a branch from a different repository, and give it a new
@@ -112,6 +115,7 @@ $ git branch -r                     # list all remote branches
 -----------------------------------------------
 
 
+[[exploring-history]]
 Exploring history
 -----------------
 
@@ -147,16 +151,17 @@ $ git bisect bad          # if this revision is bad.
                                # repeat until done.
 -----------------------------------------------
 
+[[making-changes]]
 Making changes
 --------------
 
 Make sure git knows who to blame:
 
 ------------------------------------------------
-$ cat >~/.gitconfig <<\EOF
+$ cat >>~/.gitconfig <<\EOF
 [user]
-name = Your Name Comes Here
-email = you@yourdomain.example.com
+       name = Your Name Comes Here
+       email = you@yourdomain.example.com
 EOF
 ------------------------------------------------
 
@@ -177,6 +182,7 @@ $ git commit d.txt # use latest content only of d.txt
 $ git commit -a           # use latest content of all tracked files
 -----------------------------------------------
 
+[[merging]]
 Merging
 -------
 
@@ -187,6 +193,7 @@ $ git pull git://example.com/project.git master
 $ git pull . test  # equivalent to git merge test
 -----------------------------------------------
 
+[[sharing-your-changes]]
 Sharing your changes
 --------------------
 
@@ -195,7 +202,7 @@ Importing or exporting patches:
 -----------------------------------------------
 $ git format-patch origin..HEAD # format a patch for each commit
                                # in HEAD but not in origin
-$ git-am mbox # import patches from the mailbox "mbox"
+$ git am mbox # import patches from the mailbox "mbox"
 -----------------------------------------------
 
 Fetch a branch in a different git repository, then merge into the
@@ -232,6 +239,7 @@ $ git remote add example ssh://example.com/project.git
 $ git push example test
 -----------------------------------------------
 
+[[repository-maintenance]]
 Repository maintenance
 ----------------------
 
@@ -247,9 +255,11 @@ Recompress, remove unused cruft:
 $ git gc
 -----------------------------------------------
 
+[[repositories-and-branches]]
 Repositories and Branches
 =========================
 
+[[how-to-get-a-git-repository]]
 How to get a git repository
 ---------------------------
 
@@ -280,6 +290,7 @@ contains all the information about the history of the project.
 In most of the following, examples will be taken from one of the two
 repositories above.
 
+[[how-to-check-out]]
 How to check out a different version of a project
 -------------------------------------------------
 
@@ -288,21 +299,22 @@ collection of files.  It stores the history as a compressed
 collection of interrelated snapshots (versions) of the project's
 contents.
 
-A single git repository may contain multiple branches.  Each branch
-is a bookmark referencing a particular point in the project history.
-The gitlink:git-branch[1] command shows you the list of branches:
+A single git repository may contain multiple branches.  It keeps track
+of them by keeping a list of <<def_head,heads>> which reference the
+latest version on each branch; the gitlink:git-branch[1] command shows
+you the list of branch heads:
 
 ------------------------------------------------
 $ git branch
 * master
 ------------------------------------------------
 
-A freshly cloned repository contains a single branch, named "master",
-and the working directory contains the version of the project
-referred to by the master branch.
+A freshly cloned repository contains a single branch head, by default
+named "master", with the working directory initialized to the state of
+the project referred to by that branch head.
 
-Most projects also use tags.  Tags, like branches, are references
-into the project's history, and can be listed using the
+Most projects also use <<def_tag,tags>>.  Tags, like heads, are
+references into the project's history, and can be listed using the
 gitlink:git-tag[1] command:
 
 ------------------------------------------------
@@ -320,9 +332,9 @@ v2.6.13
 ------------------------------------------------
 
 Tags are expected to always point at the same version of a project,
-while branches are expected to advance as development progresses.
+while heads are expected to advance as development progresses.
 
-Create a new branch pointing to one of these versions and check it
+Create a new branch head pointing to one of these versions and check it
 out using gitlink:git-checkout[1]:
 
 ------------------------------------------------
@@ -346,11 +358,12 @@ the current branch to point at v2.6.17 instead, with
 $ git reset --hard v2.6.17
 ------------------------------------------------
 
-Note that if the current branch was your only reference to a
+Note that if the current branch head was your only reference to a
 particular point in history, then resetting that branch may leave you
-with no way to find the history it used to point to; so use this
-command carefully.
+with no way to find the history it used to point to; so use this command
+carefully.
 
+[[understanding-commits]]
 Understanding History: Commits
 ------------------------------
 
@@ -391,16 +404,22 @@ index 8be626f..d7aac9d 100644
 As you can see, a commit shows who made the latest change, what they
 did, and why.
 
-Every commit has a 40-hexdigit id, sometimes called the "object name"
-or the "SHA1 id", shown on the first line of the "git show" output.
-You can usually refer to a commit by a shorter name, such as a tag or a
-branch name, but this longer name can also be useful.  Most
-importantly, it is a globally unique name for this commit: so if you
-tell somebody else the object name (for example in email), then you are
-guaranteed that name will refer to the same commit in their repository
-that it does in yours (assuming their repository has that commit at
-all).
-
+Every commit has a 40-hexdigit id, sometimes called the "object name" or the
+"SHA1 id", shown on the first line of the "git show" output.  You can usually
+refer to a commit by a shorter name, such as a tag or a branch name, but this
+longer name can also be useful.  Most importantly, it is a globally unique
+name for this commit: so if you tell somebody else the object name (for
+example in email), then you are guaranteed that name will refer to the same
+commit in their repository that it does in yours (assuming their repository
+has that commit at all).  Since the object name is computed as a hash over the
+contents of the commit, you are guaranteed that the commit can never change
+without its name also changing.
+
+In fact, in <<git-internals>> we shall see that everything stored in git
+history, including file data and directory contents, is stored in an object
+with a name that is a hash of its contents.
+
+[[understanding-reachability]]
 Understanding history: commits, parents, and reachability
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -425,6 +444,7 @@ if commit X is an ancestor of commit Y.  Equivalently, you could say
 that Y is a descendent of X, or that there is a chain of parents
 leading from commit Y to commit X.
 
+[[history-diagrams]]
 Understanding history: History diagrams
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -432,30 +452,33 @@ We will sometimes represent git history using diagrams like the one
 below.  Commits are shown as "o", and the links between them with
 lines drawn with - / and \.  Time goes left to right:
 
+
+................................................
          o--o--o <-- Branch A
         /
  o--o--o <-- master
         \
          o--o--o <-- Branch B
+................................................
 
 If we need to talk about a particular commit, the character "o" may
 be replaced with another letter or number.
 
+[[what-is-a-branch]]
 Understanding history: What is a branch?
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
-Though we've been using the word "branch" to mean a kind of reference
-to a particular commit, the word branch is also commonly used to
-refer to the line of commits leading up to that point.  In the
-example above, git may think of the branch named "A" as just a
-pointer to one particular commit, but we may refer informally to the
-line of three commits leading up to that point as all being part of
+When we need to be precise, we will use the word "branch" to mean a line
+of development, and "branch head" (or just "head") to mean a reference
+to the most recent commit on a branch.  In the example above, the branch
+head named "A" is a pointer to one particular commit, but we refer to
+the line of three commits leading up to that point as all being part of
 "branch A".
 
-If we need to make it clear that we're just talking about the most
-recent commit on the branch, we may refer to that commit as the
-"head" of the branch.
+However, when no confusion will result, we often just use the term
+"branch" both for branches and for branch heads.
 
+[[manipulating-branches]]
 Manipulating branches
 ---------------------
 
@@ -473,8 +496,8 @@ git branch <branch> <start-point>::
        including using a branch name or a tag name
 git branch -d <branch>::
        delete the branch <branch>; if the branch you are deleting
-       points to a commit which is not reachable from this branch,
-       this command will fail with a warning.
+       points to a commit which is not reachable from the current
+       branch, this command will fail with a warning.
 git branch -D <branch>::
        even if the branch points to a commit not reachable
        from the current branch, you may know that that commit
@@ -488,9 +511,50 @@ git checkout -b <new> <start-point>::
        create a new branch <new> referencing <start-point>, and
        check it out.
 
-It is also useful to know that the special symbol "HEAD" can always
-be used to refer to the current branch.
+The special symbol "HEAD" can always be used to refer to the current
+branch.  In fact, git uses a file named "HEAD" in the .git directory to
+remember which branch is current:
+
+------------------------------------------------
+$ cat .git/HEAD
+ref: refs/heads/master
+------------------------------------------------
+
+[[detached-head]]
+Examining an old version without creating a new branch
+------------------------------------------------------
 
+The git-checkout command normally expects a branch head, but will also
+accept an arbitrary commit; for example, you can check out the commit
+referenced by a tag:
+
+------------------------------------------------
+$ git checkout v2.6.17
+Note: moving to "v2.6.17" which isn't a local branch
+If you want to create a new branch from this checkout, you may do so
+(now or later) by using -b with the checkout command again. Example:
+  git checkout -b <new_branch_name>
+HEAD is now at 427abfa... Linux v2.6.17
+------------------------------------------------
+
+The HEAD then refers to the SHA1 of the commit instead of to a branch,
+and git branch shows that you are no longer on a branch:
+
+------------------------------------------------
+$ cat .git/HEAD
+427abfa28afedffadfca9dd8b067eb6d36bac53f
+$ git branch
+* (no branch)
+  master
+------------------------------------------------
+
+In this case we say that the HEAD is "detached".
+
+This is an easy way to check out a particular version without having to
+make up a name for the new branch.   You can still create a new branch
+(or tag) for this version later if you decide to.
+
+[[examining-remote-branches]]
 Examining branches from a remote repository
 -------------------------------------------
 
@@ -538,13 +602,9 @@ shorthand:
 The full name is occasionally useful if, for example, there ever
 exists a tag and a branch with the same name.
 
-As another useful shortcut, if the repository "origin" posesses only
-a single branch, you can refer to that branch as just "origin".
-
-More generally, if you have defined a remote repository named
-"example", you can refer to the branch in that repository as
-"example".  And for a repository with multiple branches, this will
-refer to the branch designated as the "HEAD" branch.
+As another useful shortcut, the "HEAD" of a repository can be referred
+to just using the name of that repository.  So, for example, "origin"
+is usually a shortcut for the HEAD branch in the repository "origin".
 
 For the complete list of paths which git checks for references, and
 the order it uses to decide which to choose when there are multiple
@@ -564,6 +624,7 @@ remote-tracking branches to the latest version found in her
 repository.  It will not touch any of your own branches--not even the
 "master" branch that was created for you on clone.
 
+[[fetching-branches]]
 Fetching branches from other repositories
 -----------------------------------------
 
@@ -572,7 +633,7 @@ cloned from, using gitlink:git-remote[1]:
 
 -------------------------------------------------
 $ git remote add linux-nfs git://linux-nfs.org/pub/nfs-2.6.git
-$ git fetch
+$ git fetch linux-nfs
 * refs/remotes/linux-nfs/master: storing branch 'master' ...
   commit: bf81b46
 -------------------------------------------------
@@ -596,8 +657,8 @@ a new stanza:
 $ cat .git/config
 ...
 [remote "linux-nfs"]
-        url = git://linux-nfs.org/~bfields/git.git
-       fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/linux-nfs-read/*
+       url = git://linux-nfs.org/pub/nfs-2.6.git
+       fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/linux-nfs/*
 ...
 -------------------------------------------------
 
@@ -606,6 +667,7 @@ or delete these configuration options by editing .git/config with a
 text editor.  (See the "CONFIGURATION FILE" section of
 gitlink:git-config[1] for details.)
 
+[[exploring-git-history]]
 Exploring git history
 =====================
 
@@ -620,6 +682,7 @@ history of a project.
 We start with one specialized tool that is useful for finding the
 commit that introduced a bug into a project.
 
+[[using-bisect]]
 How to use bisect to find a regression
 --------------------------------------
 
@@ -673,7 +736,7 @@ occasionally you may land on a commit that broke something unrelated;
 run
 
 -------------------------------------------------
-$ git bisect-visualize
+$ git bisect visualize
 -------------------------------------------------
 
 which will run gitk and label the commit it chose with a marker that
@@ -687,6 +750,7 @@ $ git reset --hard fb47ddb2db...
 then test, run "bisect good" or "bisect bad" as appropriate, and
 continue.
 
+[[naming-commits]]
 Naming commits
 --------------
 
@@ -751,6 +815,7 @@ $ git rev-parse origin
 e05db0fd4f31dde7005f075a84f96b360d05984b
 -------------------------------------------------
 
+[[creating-tags]]
 Creating tags
 -------------
 
@@ -758,16 +823,17 @@ We can also create a tag to refer to a particular commit; after
 running
 
 -------------------------------------------------
-$ git-tag stable-1 1b2e1d63ff
+$ git tag stable-1 1b2e1d63ff
 -------------------------------------------------
 
 You can use stable-1 to refer to the commit 1b2e1d63ff.
 
-This creates a "lightweight" tag.  If the tag is a tag you wish to
-share with others, and possibly sign cryptographically, then you
-should create a tag object instead; see the gitlink:git-tag[1] man
-page for details.
+This creates a "lightweight" tag.  If you would also like to include a
+comment with the tag, and possibly sign it cryptographically, then you
+should create a tag object instead; see the gitlink:git-tag[1] man page
+for details.
 
+[[browsing-revisions]]
 Browsing revisions
 ------------------
 
@@ -809,6 +875,7 @@ backwards through the parents; however, since git history can contain
 multiple independent lines of development, the particular order that
 commits are listed in may be somewhat arbitrary.
 
+[[generating-diffs]]
 Generating diffs
 ----------------
 
@@ -830,6 +897,7 @@ but not from master.  Note that if master also has commits which are
 not reachable from test, then the combined result of these patches
 will not be the same as the diff produced by the git-diff example.
 
+[[viewing-old-file-versions]]
 Viewing old file versions
 -------------------------
 
@@ -845,9 +913,11 @@ $ git show v2.5:fs/locks.c
 Before the colon may be anything that names a commit, and after it
 may be any path to a file tracked by git.
 
+[[history-examples]]
 Examples
 --------
 
+[[checking-for-equal-branches]]
 Check whether two branches point at the same history
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -880,6 +950,7 @@ $ git log origin...master
 
 will return no commits when the two branches are equal.
 
+[[finding-tagged-descendants]]
 Find first tagged version including a given fix
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -902,7 +973,7 @@ name based on any tag it finds pointing to one of the commit's
 descendants:
 
 -------------------------------------------------
-$ git name-rev e05db0fd
+$ git name-rev --tags e05db0fd
 e05db0fd tags/v1.5.0-rc1^0~23
 -------------------------------------------------
 
@@ -911,7 +982,7 @@ revision using a tag on which the given commit is based:
 
 -------------------------------------------------
 $ git describe e05db0fd
-v1.5.0-rc0-ge05db0f
+v1.5.0-rc0-260-ge05db0f
 -------------------------------------------------
 
 but that may sometimes help you guess which tags might come after the
@@ -965,27 +1036,29 @@ Which shows that e05db0fd is reachable from itself, from v1.5.0-rc1, and
 from v1.5.0-rc2, but not from v1.5.0-rc0.
 
 
+[[Developing-with-git]]
 Developing with git
 ===================
 
+[[telling-git-your-name]]
 Telling git your name
 ---------------------
 
 Before creating any commits, you should introduce yourself to git.  The
-easiest way to do so is:
+easiest way to do so is to make sure the following lines appear in a
+file named .gitconfig in your home directory:
 
 ------------------------------------------------
-$ cat >~/.gitconfig <<\EOF
 [user]
        name = Your Name Comes Here
        email = you@yourdomain.example.com
-EOF
 ------------------------------------------------
 
 (See the "CONFIGURATION FILE" section of gitlink:git-config[1] for
 details on the configuration file.)
 
 
+[[creating-a-new-repository]]
 Creating a new repository
 -------------------------
 
@@ -1008,7 +1081,7 @@ $ git commit
 -------------------------------------------------
 
 [[how-to-make-a-commit]]
-how to make a commit
+How to make a commit
 --------------------
 
 Creating a new commit takes three steps:
@@ -1099,10 +1172,13 @@ $ git diff --cached # difference between HEAD and the index; what
 $ git diff         # difference between the index file and your
                    # working directory; changes that would not
                    # be included if you ran "commit" now.
+$ git diff HEAD            # difference between HEAD and working tree; what
+                   # would be committed if you ran "commit -a" now.
 $ git status       # a brief per-file summary of the above.
 -------------------------------------------------
 
-creating good commit messages
+[[creating-good-commit-messages]]
+Creating good commit messages
 -----------------------------
 
 Though not required, it's a good idea to begin the commit message
@@ -1112,7 +1188,8 @@ description.  Tools that turn commits into email, for example, use
 the first line on the Subject line and the rest of the commit in the
 body.
 
-how to merge
+[[how-to-merge]]
+How to merge
 ------------
 
 You can rejoin two diverging branches of development using
@@ -1128,17 +1205,9 @@ modified in two different ways in the remote branch and the local
 branch--then you are warned; the output may look something like this:
 
 -------------------------------------------------
-$ git pull . next
-Trying really trivial in-index merge...
-fatal: Merge requires file-level merging
-Nope.
-Merging HEAD with 77976da35a11db4580b80ae27e8d65caf5208086
-Merging:
-15e2162 world
-77976da goodbye
-found 1 common ancestor(s):
-d122ed4 initial
-Auto-merging file.txt
+$ git merge next
+ 100% (4/4) done
+Auto-merged file.txt
 CONFLICT (content): Merge conflict in file.txt
 Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
 -------------------------------------------------
@@ -1152,8 +1221,6 @@ If you examine the resulting commit using gitk, you will see that it
 has two parents, one pointing to the top of the current branch, and
 one to the top of the other branch.
 
-In more detail:
-
 [[resolving-a-merge]]
 Resolving a merge
 -----------------
@@ -1163,18 +1230,47 @@ the working tree in a special state that gives you all the
 information you need to help resolve the merge.
 
 Files with conflicts are marked specially in the index, so until you
-resolve the problem and update the index, git commit will fail:
+resolve the problem and update the index, gitlink:git-commit[1] will
+fail:
 
 -------------------------------------------------
 $ git commit
 file.txt: needs merge
 -------------------------------------------------
 
-Also, git status will list those files as "unmerged".
+Also, gitlink:git-status[1] will list those files as "unmerged", and the
+files with conflicts will have conflict markers added, like this:
+
+-------------------------------------------------
+<<<<<<< HEAD:file.txt
+Hello world
+=======
+Goodbye
+>>>>>>> 77976da35a11db4580b80ae27e8d65caf5208086:file.txt
+-------------------------------------------------
+
+All you need to do is edit the files to resolve the conflicts, and then
+
+-------------------------------------------------
+$ git add file.txt
+$ git commit
+-------------------------------------------------
+
+Note that the commit message will already be filled in for you with
+some information about the merge.  Normally you can just use this
+default message unchanged, but you may add additional commentary of
+your own if desired.
+
+The above is all you need to know to resolve a simple merge.  But git
+also provides more information to help resolve conflicts:
+
+[[conflict-resolution]]
+Getting conflict-resolution help during a merge
+~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
 All of the changes that git was able to merge automatically are
 already added to the index file, so gitlink:git-diff[1] shows only
-the conflicts.  Also, it uses a somewhat unusual syntax:
+the conflicts.  It uses an unusual syntax:
 
 -------------------------------------------------
 $ git diff
@@ -1195,14 +1291,32 @@ conflict will have two parents instead of the usual one: one parent
 will be HEAD, the tip of the current branch; the other will be the
 tip of the other branch, which is stored temporarily in MERGE_HEAD.
 
-The diff above shows the differences between the working-tree version
-of file.txt and two previous version: one version from HEAD, and one
-from MERGE_HEAD.  So instead of preceding each line by a single "+"
-or "-", it now uses two columns: the first column is used for
-differences between the first parent and the working directory copy,
-and the second for differences between the second parent and the
-working directory copy.  Thus after resolving the conflict in the
-obvious way, the diff will look like:
+During the merge, the index holds three versions of each file.  Each of
+these three "file stages" represents a different version of the file:
+
+-------------------------------------------------
+$ git show :1:file.txt # the file in a common ancestor of both branches
+$ git show :2:file.txt # the version from HEAD, but including any
+                       # nonconflicting changes from MERGE_HEAD
+$ git show :3:file.txt # the version from MERGE_HEAD, but including any
+                       # nonconflicting changes from HEAD.
+-------------------------------------------------
+
+Since the stage 2 and stage 3 versions have already been updated with
+nonconflicting changes, the only remaining differences between them are
+the important ones; thus gitlink:git-diff[1] can use the information in
+the index to show only those conflicts.
+
+The diff above shows the differences between the working-tree version of
+file.txt and the stage 2 and stage 3 versions.  So instead of preceding
+each line by a single "+" or "-", it now uses two columns: the first
+column is used for differences between the first parent and the working
+directory copy, and the second for differences between the second parent
+and the working directory copy.  (See the "COMBINED DIFF FORMAT" section
+of gitlink:git-diff-files[1] for a details of the format.)
+
+After resolving the conflict in the obvious way (but before updating the
+index), the diff will look like:
 
 -------------------------------------------------
 $ git diff
@@ -1220,29 +1334,43 @@ This shows that our resolved version deleted "Hello world" from the
 first parent, deleted "Goodbye" from the second parent, and added
 "Goodbye world", which was previously absent from both.
 
-The gitlink:git-log[1] command also provides special help for merges:
+Some special diff options allow diffing the working directory against
+any of these stages:
+
+-------------------------------------------------
+$ git diff -1 file.txt         # diff against stage 1
+$ git diff --base file.txt     # same as the above
+$ git diff -2 file.txt         # diff against stage 2
+$ git diff --ours file.txt     # same as the above
+$ git diff -3 file.txt         # diff against stage 3
+$ git diff --theirs file.txt   # same as the above.
+-------------------------------------------------
+
+The gitlink:git-log[1] and gitk[1] commands also provide special help
+for merges:
 
 -------------------------------------------------
 $ git log --merge
+$ gitk --merge
 -------------------------------------------------
 
-This will list all commits which exist only on HEAD or on MERGE_HEAD,
-and which touch an unmerged file.
+These will display all commits which exist only on HEAD or on
+MERGE_HEAD, and which touch an unmerged file.
 
-We can now add the resolved version to the index and commit:
+You may also use gitlink:git-mergetool, which lets you merge the
+unmerged files using external tools such as emacs or kdiff3.
+
+Each time you resolve the conflicts in a file and update the index:
 
 -------------------------------------------------
 $ git add file.txt
-$ git commit
 -------------------------------------------------
 
-Note that the commit message will already be filled in for you with
-some information about the merge.  Normally you can just use this
-default message unchanged, but you may add additional commentary of
-your own if desired.
+the different stages of that file will be "collapsed", after which
+git-diff will (by default) no longer show diffs for that file.
 
 [[undoing-a-merge]]
-undoing a merge
+Undoing a merge
 ---------------
 
 If you get stuck and decide to just give up and throw the whole mess
@@ -1255,7 +1383,7 @@ $ git reset --hard HEAD
 Or, if you've already commited the merge that you want to throw away,
 
 -------------------------------------------------
-$ git reset --hard HEAD^
+$ git reset --hard ORIG_HEAD
 -------------------------------------------------
 
 However, this last command can be dangerous in some cases--never
@@ -1263,6 +1391,7 @@ throw away a commit you have already committed if that commit may
 itself have been merged into another branch, as doing so may confuse
 further merges.
 
+[[fast-forwards]]
 Fast-forward merges
 -------------------
 
@@ -1271,13 +1400,13 @@ differently.  Normally, a merge results in a merge commit, with two
 parents, one pointing at each of the two lines of development that
 were merged.
 
-However, if one of the two lines of development is completely
-contained within the other--so every commit present in the one is
-already contained in the other--then git just performs a
-<<fast-forwards,fast forward>>; the head of the current branch is
-moved forward to point at the head of the merged-in branch, without
-any new commits being created.
+However, if the current branch is a descendant of the other--so every
+commit present in the one is already contained in the other--then git
+just performs a "fast forward"; the head of the current branch is moved
+forward to point at the head of the merged-in branch, without any new
+commits being created.
 
+[[fixing-mistakes]]
 Fixing mistakes
 ---------------
 
@@ -1302,6 +1431,7 @@ fundamentally different ways to fix the problem:
        change, and cannot correctly perform repeated merges from
        a branch that has had its history changed.
 
+[[reverting-a-commit]]
 Fixing a mistake with a new commit
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -1328,6 +1458,7 @@ with the changes to be reverted, then you will be asked to fix
 conflicts manually, just as in the case of <<resolving-a-merge,
 resolving a merge>>.
 
+[[fixing-a-mistake-by-editing-history]]
 Fixing a mistake by editing history
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -1355,6 +1486,7 @@ It is also possible to edit commits further back in the history, but
 this is an advanced topic to be left for
 <<cleaning-up-history,another chapter>>.
 
+[[checkout-of-path]]
 Checking out an old version of a file
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -1376,11 +1508,12 @@ modifying the working directory, you can do that with
 gitlink:git-show[1]:
 
 -------------------------------------------------
-$ git show HEAD^ path/to/file
+$ git show HEAD^:path/to/file
 -------------------------------------------------
 
 which will display the given version of the file.
 
+[[ensuring-good-performance]]
 Ensuring good performance
 -------------------------
 
@@ -1397,9 +1530,12 @@ $ git gc
 to recompress the archive.  This can be very time-consuming, so
 you may prefer to run git-gc when you are not doing other work.
 
+
+[[ensuring-reliability]]
 Ensuring reliability
 --------------------
 
+[[checking-for-corruption]]
 Checking the repository for corruption
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -1420,8 +1556,10 @@ dangling tree b24c2473f1fd3d91352a624795be026d64c8841f
 ...
 -------------------------------------------------
 
-Dangling objects are objects that are harmless, but also unnecessary;
-you can remove them at any time with gitlink:git-prune[1] or the --prune
+Dangling objects are not a problem.  At worst they may take up a little
+extra disk space.  They can sometimes provide a last-resort method of
+recovery lost work--see <<dangling-objects>> for details.  However, if
+you want, you may remove them with gitlink:git-prune[1] or the --prune
 option to gitlink:git-gc[1]:
 
 -------------------------------------------------
@@ -1432,12 +1570,11 @@ This may be time-consuming.  Unlike most other git operations (including
 git-gc when run without any options), it is not safe to prune while
 other git operations are in progress in the same repository.
 
-For more about dangling objects, see <<dangling-objects>>.
-
-
+[[recovering-lost-changes]]
 Recovering lost changes
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
+[[reflogs]]
 Reflogs
 ^^^^^^^
 
@@ -1462,7 +1599,18 @@ $ git show master@{2}            # See where the branch pointed 2,
 $ git show master@{3}          # 3, ... changes ago.
 $ gitk master@{yesterday}      # See where it pointed yesterday,
 $ gitk master@{"1 week ago"}   # ... or last week
+$ git log --walk-reflogs master        # show reflog entries for master
+-------------------------------------------------
+
+A separate reflog is kept for the HEAD, so
+
 -------------------------------------------------
+$ git show HEAD@{"1 week ago"}
+-------------------------------------------------
+
+will show what HEAD pointed to one week ago, not what the current branch
+pointed to one week ago.  This allows you to see the history of what
+you've checked out.
 
 The reflogs are kept by default for 30 days, after which they may be
 pruned.  See gitlink:git-reflog[1] and gitlink:git-gc[1] to learn
@@ -1474,15 +1622,16 @@ While normal history is shared by every repository that works on the
 same project, the reflog history is not shared: it tells you only about
 how the branches in your local repository have changed over time.
 
+[[dangling-object-recovery]]
 Examining dangling objects
 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
 
-In some situations the reflog may not be able to save you.  For
-example, suppose you delete a branch, then realize you need the history
-it pointed you.  The reflog is also deleted; however, if you have not
-yet pruned the repository, then you may still be able to find
-the lost commits; run git-fsck and watch for output that mentions
-"dangling commits":
+In some situations the reflog may not be able to save you.  For example,
+suppose you delete a branch, then realize you need the history it
+contained.  The reflog is also deleted; however, if you have not yet
+pruned the repository, then you may still be able to find the lost
+commits in the dangling objects that git-fsck reports.  See
+<<dangling-objects>> for the details.
 
 -------------------------------------------------
 $ git fsck
@@ -1505,7 +1654,7 @@ history that is described by all your existing branches and tags.  Thus
 you get exactly the history reachable from that commit that is lost.
 (And notice that it might not be just one commit: we only report the
 "tip of the line" as being dangling, but there might be a whole deep
-and complex commit history that was gotten dropped.)
+and complex commit history that was dropped.)
 
 If you decide you want the history back, you can always create a new
 reference pointing to it, for example, a new branch:
@@ -1514,7 +1663,11 @@ reference pointing to it, for example, a new branch:
 $ git branch recovered-branch 7281251ddd 
 ------------------------------------------------
 
+Other types of dangling objects (blobs and trees) are also possible, and
+dangling objects can arise in other situations.
 
+
+[[sharing-development]]
 Sharing development with others
 ===============================
 
@@ -1551,9 +1704,16 @@ so often you can accomplish the above with just
 $ git pull
 -------------------------------------------------
 
-See the descriptions of the branch.<name>.remote and
-branch.<name>.merge options in gitlink:git-config[1] to learn
-how to control these defaults depending on the current branch.
+See the descriptions of the branch.<name>.remote and branch.<name>.merge
+options in gitlink:git-config[1] to learn how to control these defaults
+depending on the current branch.  Also note that the --track option to
+gitlink:git-branch[1] and gitlink:git-checkout[1] can be used to
+automatically set the default remote branch to pull from at the time
+that a branch is created:
+
+-------------------------------------------------
+$ git checkout --track -b origin/maint maint
+-------------------------------------------------
 
 In addition to saving you keystrokes, "git pull" also helps you by
 producing a default commit message documenting the branch and
@@ -1561,7 +1721,7 @@ repository that you pulled from.
 
 (But note that no such commit will be created in the case of a
 <<fast-forwards,fast forward>>; instead, your branch will just be
-updated to point to the latest commit from the upstream branch).
+updated to point to the latest commit from the upstream branch.)
 
 The git-pull command can also be given "." as the "remote" repository,
 in which case it just merges in a branch from the current repository; so
@@ -1574,6 +1734,7 @@ $ git merge branch
 
 are roughly equivalent.  The former is actually very commonly used.
 
+[[submitting-patches]]
 Submitting patches to a project
 -------------------------------
 
@@ -1595,6 +1756,7 @@ use the gitlink:git-send-email[1] script to automate the process.
 Consult the mailing list for your project first to determine how they
 prefer such patches be handled.
 
+[[importing-patches]]
 Importing patches to a project
 ------------------------------
 
@@ -1638,9 +1800,9 @@ updates with git pull>>".
 
 If you and maintainer both have accounts on the same machine, then
 then you can just pull changes from each other's repositories
-directly; note that all of the command (gitlink:git-clone[1],
-git-fetch[1], git-pull[1], etc.) which accept a URL as an argument
-will also accept a local file patch; so, for example, you can
+directly; note that all of the commands (gitlink:git-clone[1],
+git-fetch[1], git-pull[1], etc.) that accept a URL as an argument
+will also accept a local directory name; so, for example, you can
 use
 
 -------------------------------------------------
@@ -1674,14 +1836,14 @@ Now, assume your personal repository is in the directory ~/proj.  We
 first create a new clone of the repository:
 
 -------------------------------------------------
-$ git clone --bare proj-clone.git
+$ git clone --bare ~/proj proj.git
 -------------------------------------------------
 
-The resulting directory proj-clone.git will contains a "bare" git
-repository--it is just the contents of the ".git" directory, without
-a checked-out copy of a working directory.
+The resulting directory proj.git contains a "bare" git repository--it is
+just the contents of the ".git" directory, without a checked-out copy of
+a working directory.
 
-Next, copy proj-clone.git to the server where you plan to host the
+Next, copy proj.git to the server where you plan to host the
 public repository.  You can use scp, rsync, or whatever is most
 convenient.
 
@@ -1707,7 +1869,7 @@ adjustments to give web clients some extra information they need:
 -------------------------------------------------
 $ mv proj.git /home/you/public_html/proj.git
 $ cd proj.git
-$ git update-server-info
+$ git --bare update-server-info
 $ chmod a+x hooks/post-update
 -------------------------------------------------
 
@@ -1774,7 +1936,7 @@ As with git-fetch, you may also set up configuration options to
 save typing; so, for example, after
 
 -------------------------------------------------
-$ cat >.git/config <<EOF
+$ cat >>.git/config <<EOF
 [remote "public-repo"]
        url = ssh://yourserver.com/~you/proj.git
 EOF
@@ -1790,6 +1952,7 @@ See the explanations of the remote.<name>.url, branch.<name>.remote,
 and remote.<name>.push options in gitlink:git-config[1] for
 details.
 
+[[setting-up-a-shared-repository]]
 Setting up a shared repository
 ------------------------------
 
@@ -1799,13 +1962,15 @@ all push to and pull from a single shared repository.  See
 link:cvs-migration.txt[git for CVS users] for instructions on how to
 set this up.
 
+[[setting-up-gitweb]]
 Allow web browsing of a repository
 ----------------------------------
 
 The gitweb cgi script provides users an easy way to browse your
 project's files and history without having to install git; see the file
-gitweb/README in the git source tree for instructions on setting it up.
+gitweb/INSTALL in the git source tree for instructions on setting it up.
 
+[[sharing-development-examples]]
 Examples
 --------
 
@@ -1823,6 +1988,7 @@ cause git's merge machinery (for example) to do the wrong thing.
 However, there is a situation in which it can be useful to violate this
 assumption.
 
+[[patch-series]]
 Creating the perfect patch series
 ---------------------------------
 
@@ -1832,7 +1998,7 @@ that makes it easy for them to read your changes, verify that they are
 correct, and understand why you made each change.
 
 If you present all of your changes as a single patch (or commit), they
-may find it is too much to digest all at once.
+may find that it is too much to digest all at once.
 
 If you present them with the entire history of your work, complete with
 mistakes, corrections, and dead ends, they may be overwhelmed.
@@ -1855,14 +2021,12 @@ We will introduce some tools that can help you do this, explain how to
 use them, and then explain some of the problems that can arise because
 you are rewriting history.
 
+[[using-git-rebase]]
 Keeping a patch series up to date using git-rebase
 --------------------------------------------------
 
-Suppose you have a series of commits in a branch "mywork", which
-originally branched off from "origin".
-
-Suppose you create a branch "mywork" on a remote-tracking branch
-"origin", and created some commits on top of it:
+Suppose that you create a branch "mywork" on a remote-tracking branch
+"origin", and create some commits on top of it:
 
 -------------------------------------------------
 $ git checkout -b mywork origin
@@ -1876,25 +2040,29 @@ $ git commit
 You have performed no merges into mywork, so it is just a simple linear
 sequence of patches on top of "origin":
 
-
+................................................
  o--o--o <-- origin
         \
          o--o--o <-- mywork
+................................................
 
 Some more interesting work has been done in the upstream project, and
 "origin" has advanced:
 
+................................................
  o--o--O--o--o--o <-- origin
         \
          a--b--c <-- mywork
+................................................
 
 At this point, you could use "pull" to merge your changes back in;
 the result would create a new merge commit, like this:
 
-
+................................................
  o--o--O--o--o--o <-- origin
         \        \
          a--b--c--m <-- mywork
+................................................
  
 However, if you prefer to keep the history in mywork a simple series of
 commits without any merges, you may instead choose to use
@@ -1911,9 +2079,11 @@ point at the latest version of origin, then apply each of the saved
 patches to the new mywork.  The result will look like:
 
 
+................................................
  o--o--O--o--o--o <-- origin
                 \
                  a'--b'--c' <-- mywork
+................................................
 
 In the process, it may discover conflicts.  In that case it will stop
 and allow you to fix the conflicts; after fixing conflicts, use "git
@@ -1933,6 +2103,53 @@ return mywork to the state it had before you started the rebase:
 $ git rebase --abort
 -------------------------------------------------
 
+[[modifying-one-commit]]
+Modifying a single commit
+-------------------------
+
+We saw in <<fixing-a-mistake-by-editing-history>> that you can replace the
+most recent commit using
+
+-------------------------------------------------
+$ git commit --amend
+-------------------------------------------------
+
+which will replace the old commit by a new commit incorporating your
+changes, giving you a chance to edit the old commit message first.
+
+You can also use a combination of this and gitlink:git-rebase[1] to edit
+commits further back in your history.  First, tag the problematic commit with
+
+-------------------------------------------------
+$ git tag bad mywork~5
+-------------------------------------------------
+
+(Either gitk or git-log may be useful for finding the commit.)
+
+Then check out that commit, edit it, and rebase the rest of the series
+on top of it (note that we could check out the commit on a temporary
+branch, but instead we're using a <<detached-head,detached head>>):
+
+-------------------------------------------------
+$ git checkout bad
+$ # make changes here and update the index
+$ git commit --amend
+$ git rebase --onto HEAD bad mywork
+-------------------------------------------------
+
+When you're done, you'll be left with mywork checked out, with the top
+patches on mywork reapplied on top of your modified commit.  You can
+then clean up with
+
+-------------------------------------------------
+$ git tag -d bad
+-------------------------------------------------
+
+Note that the immutable nature of git history means that you haven't really
+"modified" existing commits; instead, you have replaced the old commits with
+new commits having new object names.
+
+[[reordering-patch-series]]
 Reordering or selecting from a patch series
 -------------------------------------------
 
@@ -1962,13 +2179,15 @@ $ git reset --hard origin
 Then modify, reorder, or eliminate patches as preferred before applying
 them again with gitlink:git-am[1].
 
+[[patch-series-tools]]
 Other tools
 -----------
 
 There are numerous other tools, such as stgit, which exist for the
-purpose of maintaining a patch series.  These are out of the scope of
+purpose of maintaining a patch series.  These are outside of the scope of
 this manual.
 
+[[problems-with-rewriting-history]]
 Problems with rewriting history
 -------------------------------
 
@@ -1976,24 +2195,30 @@ The primary problem with rewriting the history of a branch has to do
 with merging.  Suppose somebody fetches your branch and merges it into
 their branch, with a result something like this:
 
+................................................
  o--o--O--o--o--o <-- origin
         \        \
          t--t--t--m <-- their branch:
+................................................
 
 Then suppose you modify the last three commits:
 
+................................................
         o--o--o <-- new head of origin
        /
  o--o--O--o--o--o <-- old head of origin
+................................................
 
 If we examined all this history together in one repository, it will
 look like:
 
+................................................
         o--o--o <-- new head of origin
        /
  o--o--O--o--o--o <-- old head of origin
         \        \
          t--t--t--m <-- their branch:
+................................................
 
 Git has no way of knowing that the new head is an updated version of
 the old head; it treats this situation exactly the same as it would if
@@ -2011,9 +2236,11 @@ branches into their own work.
 For true distributed development that supports proper merging,
 published branches should never be rewritten.
 
+[[advanced-branch-management]]
 Advanced branch management
 ==========================
 
+[[fetching-individual-branches]]
 Fetching individual branches
 ----------------------------
 
@@ -2039,24 +2266,26 @@ $ git fetch git://example.com/proj.git master:example-master
 will create a new branch named "example-master" and store in it the
 branch named "master" from the repository at the given URL.  If you
 already have a branch named example-master, it will attempt to
-"fast-forward" to the commit given by example.com's master branch.  So
-next we explain what a fast-forward is:
+<<fast-forwards,fast-forward>> to the commit given by example.com's
+master branch.  In more detail:
 
-[[fast-forwards]]
-Understanding git history: fast-forwards
-----------------------------------------
+[[fetch-fast-forwards]]
+git fetch and fast-forwards
+---------------------------
 
 In the previous example, when updating an existing branch, "git
 fetch" checks to make sure that the most recent commit on the remote
 branch is a descendant of the most recent commit on your copy of the
 branch before updating your copy of the branch to point at the new
-commit.  Git calls this process a "fast forward".
+commit.  Git calls this process a <<fast-forwards,fast forward>>.
 
 A fast forward looks something like this:
 
+................................................
  o--o--o--o <-- old head of the branch
            \
             o--o--o <-- new head of the branch
+................................................
 
 
 In some cases it is possible that the new head will *not* actually be
@@ -2064,11 +2293,11 @@ a descendant of the old head.  For example, the developer may have
 realized she made a serious mistake, and decided to backtrack,
 resulting in a situation like:
 
+................................................
  o--o--o--o--a--b <-- old head of the branch
            \
             o--o--o <-- new head of the branch
-
-
+................................................
 
 In this case, "git fetch" will fail, and print out a warning.
 
@@ -2078,6 +2307,7 @@ situation above this may mean losing the commits labeled "a" and "b",
 unless you've already created a reference of your own pointing to
 them.
 
+[[forcing-fetch]]
 Forcing git fetch to do non-fast-forward updates
 ------------------------------------------------
 
@@ -2088,15 +2318,22 @@ descendant of the old head, you may force the update with:
 $ git fetch git://example.com/proj.git +master:refs/remotes/example/master
 -------------------------------------------------
 
-Note the addition of the "+" sign.  Be aware that commits which the
-old version of example/master pointed at may be lost, as we saw in
-the previous section.
+Note the addition of the "+" sign.  Alternatively, you can use the "-f"
+flag to force updates of all the fetched branches, as in:
+
+-------------------------------------------------
+$ git fetch -f origin
+-------------------------------------------------
 
+Be aware that commits that the old version of example/master pointed at
+may be lost, as we saw in the previous section.
+
+[[remote-branch-configuration]]
 Configuring remote branches
 ---------------------------
 
 We saw above that "origin" is just a shortcut to refer to the
-repository which you originally cloned from.  This information is
+repository that you originally cloned from.  This information is
 stored in git configuration variables, which you can see using
 gitlink:git-config[1]:
 
@@ -2135,9 +2372,8 @@ $ git config remote.example.fetch master:refs/remotes/example/master
 then the following commands will all do the same thing:
 
 -------------------------------------------------
-$ git fetch git://example.com/proj.git master:ref/remotes/example/master
-$ git fetch example master:ref/remotes/example/master
-$ git fetch example example/master
+$ git fetch git://example.com/proj.git master:refs/remotes/example/master
+$ git fetch example master:refs/remotes/example/master
 $ git fetch example
 -------------------------------------------------
 
@@ -2158,12 +2394,14 @@ See gitlink:git-config[1] for more details on the configuration
 options mentioned above.
 
 
+[[git-internals]]
 Git internals
 =============
 
-There are two object abstractions: the "object database", and the
-"current directory cache" aka "index".
+Git depends on two fundamental abstractions: the "object database", and
+the "current directory cache" aka "index".
 
+[[the-object-database]]
 The Object Database
 -------------------
 
@@ -2173,38 +2411,40 @@ approximated by the SHA1 hash of the object itself.  Objects may refer
 to other objects (by referencing their SHA1 hash), and so you can
 build up a hierarchy of objects.
 
-All objects have a statically determined "type" aka "tag", which is
+All objects have a statically determined "type" which is
 determined at object creation time, and which identifies the format of
 the object (i.e. how it is used, and how it can refer to other
 objects).  There are currently four different object types: "blob",
-"tree", "commit" and "tag".
+"tree", "commit", and "tag".
 
-A "blob" object cannot refer to any other object, and is, like the type
-implies, a pure storage object containing some user data.  It is used to
-actually store the file data, i.e. a blob object is associated with some
-particular version of some file. 
+A <<def_blob_object,"blob" object>> cannot refer to any other object,
+and is, as the name implies, a pure storage object containing some
+user data.  It is used to actually store the file data, i.e. a blob
+object is associated with some particular version of some file.
 
-A "tree" object is an object that ties one or more "blob" objects into a
-directory structure. In addition, a tree object can refer to other tree
-objects, thus creating a directory hierarchy. 
+A <<def_tree_object,"tree" object>> is an object that ties one or more
+"blob" objects into a directory structure. In addition, a tree object
+can refer to other tree objects, thus creating a directory hierarchy.
 
-A "commit" object ties such directory hierarchies together into
-a DAG of revisions - each "commit" is associated with exactly one tree
-(the directory hierarchy at the time of the commit). In addition, a
-"commit" refers to one or more "parent" commit objects that describe the
-history of how we arrived at that directory hierarchy.
+A <<def_commit_object,"commit" object>> ties such directory hierarchies
+together into a <<def_DAG,directed acyclic graph>> of revisions - each
+"commit" is associated with exactly one tree (the directory hierarchy at
+the time of the commit). In addition, a "commit" refers to one or more
+"parent" commit objects that describe the history of how we arrived at
+that directory hierarchy.
 
 As a special case, a commit object with no parents is called the "root"
-object, and is the point of an initial project commit.  Each project
+commit, and is the point of an initial project commit.  Each project
 must have at least one root, and while you can tie several different
 root objects together into one project by creating a commit object which
 has two or more separate roots as its ultimate parents, that's probably
 just going to confuse people.  So aim for the notion of "one root object
 per project", even if git itself does not enforce that. 
 
-A "tag" object symbolically identifies and can be used to sign other
-objects. It contains the identifier and type of another object, a
-symbolic name (of course!) and, optionally, a signature.
+A <<def_tag_object,"tag" object>> symbolically identifies and can be
+used to sign other objects. It contains the identifier and type of
+another object, a symbolic name (of course!) and, optionally, a
+signature.
 
 Regardless of object type, all objects share the following
 characteristics: they are all deflated with zlib, and have a header
@@ -2231,6 +2471,7 @@ to just verifying their superficial consistency through the hash).
 
 The object types in some more detail:
 
+[[blob-object]]
 Blob Object
 -----------
 
@@ -2252,6 +2493,7 @@ file is associated with in any way.
 A blob is typically created when gitlink:git-update-index[1]
 is run, and its data can be accessed by gitlink:git-cat-file[1].
 
+[[tree-object]]
 Tree Object
 -----------
 
@@ -2293,6 +2535,7 @@ A tree is created with gitlink:git-write-tree[1] and
 its data can be accessed by gitlink:git-ls-tree[1].
 Two trees can be compared with gitlink:git-diff-tree[1].
 
+[[commit-object]]
 Commit Object
 -------------
 
@@ -2310,7 +2553,7 @@ that the tree is "good" or that the merge information makes sense.
 The parents do not have to actually have any relationship with the
 result, for example.
 
-Note on commits: unlike real SCM's, commits do not contain
+Note on commits: unlike some SCM's, commits do not contain
 rename information or file mode change information.  All of that is
 implicit in the trees involved (the result tree, and the result trees
 of the parents), and describing that makes no sense in this idiotic
@@ -2319,6 +2562,7 @@ file manager.
 A commit is created with gitlink:git-commit-tree[1] and
 its data can be accessed by gitlink:git-cat-file[1].
 
+[[trust]]
 Trust
 -----
 
@@ -2348,6 +2592,7 @@ like GPG/PGP.
 
 To assist in this, git also provides the tag object...
 
+[[tag-object]]
 Tag Object
 ----------
 
@@ -2370,11 +2615,12 @@ and the signature can be verified by
 gitlink:git-verify-tag[1].
 
 
+[[the-index]]
 The "index" aka "Current Directory Cache"
 -----------------------------------------
 
 The index is a simple binary file, which contains an efficient
-representation of a virtual directory content at some random time.  It
+representation of the contents of a virtual directory.  It
 does so by a simple array that associates a set of names, dates,
 permissions and content (aka "blob") objects together.  The cache is
 always kept ordered by name, and names are unique (with a few very
@@ -2407,7 +2653,7 @@ conflicts between different tree objects, allowing each pathname to be
 associated with sufficient information about the trees involved that
 you can create a three-way merge between them.'
 
-Those are the three ONLY things that the directory cache does.  It's a
+Those are the ONLY three things that the directory cache does.  It's a
 cache, and the normal operation is to re-generate it completely from a
 known tree object, or update/compare it with a live tree that is being
 developed.  If you blow the directory cache away entirely, you generally
@@ -2424,6 +2670,7 @@ been written back to the backing store.
 
 
 
+[[the-workflow]]
 The Workflow
 ------------
 
@@ -2433,6 +2680,7 @@ index), but most operations move data to and from the index file. Either
 from the database or from the working directory. Thus there are four
 main combinations: 
 
+[[working-directory-to-index]]
 working directory -> index
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -2466,6 +2714,7 @@ stat information. It will 'not' update the object status itself, and
 it will only update the fields that are used to quickly test whether
 an object still matches its old backing store object.
 
+[[index-to-object-database]]
 index -> object database
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -2481,6 +2730,7 @@ and it will return the name of the resulting top-level tree. You can
 use that tree to re-generate the index at any time by going in the
 other direction:
 
+[[object-database-to-index]]
 object database -> index
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -2497,6 +2747,7 @@ and your index file will now be equivalent to the tree that you saved
 earlier. However, that is only your 'index' file: your working
 directory contents have not been modified.
 
+[[index-to-working-directory]]
 index -> working directory
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -2526,6 +2777,7 @@ need to use the "-f" flag ('before' the "-a" flag or the filename) to
 Finally, there are a few odds and ends which are not purely moving
 from one representation to the other:
 
+[[tying-it-all-together]]
 Tying it all together
 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 
@@ -2601,6 +2853,7 @@ various pieces fit together.
 ------------
 
 
+[[examining-the-data]]
 Examining the data
 ------------------
 
@@ -2636,6 +2889,7 @@ $ git-cat-file commit HEAD
 
 to see what the top commit was.
 
+[[merging-multiple-trees]]
 Merging multiple trees
 ----------------------
 
@@ -2669,7 +2923,7 @@ since the tree object information is always the first line in a commit
 object.
 
 Once you know the three trees you are going to merge (the one "original"
-tree, aka the common case, and the two "result" trees, aka the branches
+tree, aka the common tree, and the two "result" trees, aka the branches
 you want to merge), you do a "merge" read into the index. This will
 complain if it has to throw away your old index contents, so you should
 make sure that you've committed those - in fact you would normally
@@ -2687,6 +2941,7 @@ index file, and you can just write the result out with
 `git-write-tree`.
 
 
+[[merging-multiple-trees-2]]
 Merging multiple trees, continued
 ---------------------------------
 
@@ -2722,14 +2977,14 @@ obviously the final outcome is what is in `HEAD`.  What the
 above example shows is that file `hello.c` was changed from
 `$orig` to `HEAD` and `$orig` to `$target` in a different way.
 You could resolve this by running your favorite 3-way merge
-program, e.g.  `diff3` or `merge`, on the blob objects from
-these three stages yourself, like this:
+program, e.g.  `diff3`, `merge`, or git's own merge-file, on
+the blob objects from these three stages yourself, like this:
 
 ------------------------------------------------
 $ git-cat-file blob 263414f... >hello.c~1
 $ git-cat-file blob 06fa6a2... >hello.c~2
 $ git-cat-file blob cc44c73... >hello.c~3
-$ merge hello.c~2 hello.c~1 hello.c~3
+$ git merge-file hello.c~2 hello.c~1 hello.c~3
 ------------------------------------------------
 
 This would leave the merge result in `hello.c~2` file, along
@@ -2757,6 +3012,7 @@ $ git-merge-index git-merge-one-file hello.c
 
 and that is what higher level `git merge -s resolve` is implemented with.
 
+[[pack-files]]
 How git stores objects efficiently: pack files
 ----------------------------------------------
 
@@ -2827,11 +3083,10 @@ objects.  They are not a problem.
 The most common cause of dangling objects is that you've rebased a
 branch, or you have pulled from somebody else who rebased a branch--see
 <<cleaning-up-history>>.  In that case, the old head of the original
-branch still exists, as does obviously everything it pointed to. The
-branch pointer itself just doesn't, since you replaced it with another
-one.
+branch still exists, as does everything it pointed to. The branch
+pointer itself just doesn't, since you replaced it with another one.
 
-There are also other situations too that cause dangling objects. For
+There are also other situations that cause dangling objects. For
 example, a "dangling blob" may arise because you did a "git add" of a
 file, but then, before you actually committed it and made it part of the
 bigger picture, you changed something else in that file and committed
@@ -2853,15 +3108,22 @@ be how you recover your old tree (say, you did a rebase, and realized
 that you really didn't want to - you can look at what dangling objects
 you have, and decide to reset your head to some old dangling state).
 
-For commits, the most useful thing to do with dangling objects tends to
-be to do a simple
+For commits, you can just use:
 
 ------------------------------------------------
 $ gitk <dangling-commit-sha-goes-here> --not --all
 ------------------------------------------------
 
-For blobs and trees, you can't do the same, but you can examine them.
-You can just do
+This asks for all the history reachable from the given commit but not
+from any branch, tag, or other reference.  If you decide it's something
+you want, you can always create a new reference to it, e.g.,
+
+------------------------------------------------
+$ git branch recovered-branch <dangling-commit-sha-goes-here>
+------------------------------------------------
+
+For blobs and trees, you can't do the same, but you can still examine
+them.  You can just do
 
 ------------------------------------------------
 $ git show <dangling-blob/tree-sha-goes-here>
@@ -2898,11 +3160,10 @@ confusing and scary messages, but it won't actually do anything bad. In
 contrast, running "git prune" while somebody is actively changing the 
 repository is a *BAD* idea).
 
-Glossary of git terms
-=====================
-
+[[glossary]]
 include::glossary.txt[]
 
+[[todo]]
 Notes and todo list for this manual
 ===================================
 
@@ -2939,11 +3200,6 @@ provides.
 Simplify beginning by suggesting disconnected head instead of
 temporary branch creation?
 
-Explain how to refer to file stages in the "how to resolve a merge"
-section: diff -1, -2, -3, --ours, --theirs :1:/path notation.  The
-"git ls-files --unmerged --stage" thing is sorta useful too,
-actually.  And note gitk --merge.
-
 Add more good examples.  Entire sections of just cookbook examples
 might be a good idea; maybe make an "advanced examples" section a
 standard end-of-chapter section?