else:
                 die("unknown modifier %s for %s" % (modifier, path))
 
-        diffcmd = "git diff-tree -p \"%s\"" % (id)
+        diffcmd = "git diff-tree --full-index -p \"%s\"" % (id)
         patchcmd = diffcmd + " | git apply "
         tryPatchCmd = patchcmd + "--check -"
         applyPatchCmd = patchcmd + "--check --apply -"
         print "Rebasing the current branch onto %s" % upstream
         oldHead = read_pipe("git rev-parse HEAD").strip()
         system("git rebase %s" % upstream)
-        system("git diff-tree --stat --summary -M %s HEAD" % oldHead)
+        system("git diff-tree --stat --summary -M %s HEAD --" % oldHead)
         return True
 
 class P4Clone(P4Sync):