fi
 
        cmt=`cat "$dotest/current"`
-       if ! git diff-index --quiet HEAD --
+       if ! git diff-index --quiet --ignore-submodules HEAD --
        then
                if ! git commit --no-verify -C "$cmt"
                then
 do
        case "$1" in
        --continue)
-               git diff-files --quiet || {
+               git diff-files --quiet --ignore-submodules || {
                        echo "You must edit all merge conflicts and then"
                        echo "mark them as resolved using git add"
                        exit 1
                else
                        die "No rebase in progress?"
                fi
-               git reset --hard $(cat $dotest/orig-head)
+               git reset --hard $(cat "$dotest/orig-head")
                rm -r "$dotest"
                exit
                ;;
 fi
 
 # The tree must be really really clean.
-git update-index --refresh || exit
-diff=$(git diff-index --cached --name-status -r HEAD --)
+git update-index --ignore-submodules --refresh || exit
+diff=$(git diff-index --cached --name-status -r --ignore-submodules HEAD --)
 case "$diff" in
 ?*)    echo "cannot rebase: your index is not up-to-date"
        echo "$diff"
 mb=$(git merge-base "$onto" "$branch")
 if test "$upstream" = "$onto" && test "$mb" = "$onto" &&
        # linear history?
-       ! git rev-list --parents "$onto".."$branch" | grep " .* " > /dev/null
+       ! (git rev-list --parents "$onto".."$branch" | grep " .* ") > /dev/null
 then
        # Lazily switch to the target branch if needed...
        test -z "$switch_to" || git checkout "$switch_to"