git clone super clone2 &&
        (
                cd clone2 &&
-               test ! -d sub1/.git &&
-               test ! -d sub2/.git &&
-               test ! -d sub3/.git &&
-               test ! -d nested1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
                git submodule update --init &&
-               test -d sub1/.git &&
-               test -d sub2/.git &&
-               test -d sub3/.git &&
-               test -d nested1/.git &&
-               test ! -d nested1/nested2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/.git &&
                git submodule foreach "git submodule update --init" &&
-               test -d nested1/nested2/.git &&
-               test ! -d nested1/nested2/nested3/.git
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested1/nested2/.git
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git
        )
 '
 
        (
                cd clone2 &&
                git submodule foreach --recursive "git submodule update --init" &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/submodule/.git
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/submodule/.git
        )
 '
 
        git clone super clone3 &&
        (
                cd clone3 &&
-               test ! -d sub1/.git &&
-               test ! -d sub2/.git &&
-               test ! -d sub3/.git &&
-               test ! -d nested1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
                git submodule update --init --recursive &&
-               test -d sub1/.git &&
-               test -d sub2/.git &&
-               test -d sub3/.git &&
-               test -d nested1/.git &&
-               test -d nested1/nested2/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/submodule/.git
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/submodule/.git
        )
 '
 
 
 test_expect_success 'use "git clone --recursive" to checkout all submodules' '
        git clone --recursive super clone4 &&
-       test -d clone4/.git &&
-       test -d clone4/sub1/.git &&
-       test -d clone4/sub2/.git &&
-       test -d clone4/sub3/.git &&
-       test -d clone4/nested1/.git &&
-       test -d clone4/nested1/nested2/.git &&
-       test -d clone4/nested1/nested2/nested3/.git &&
-       test -d clone4/nested1/nested2/nested3/submodule/.git
+       (
+               cd clone4 &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir .git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/submodule/.git
+       )
 '
 
 test_expect_success 'test "update --recursive" with a flag with spaces' '
        git clone super clone5 &&
        (
                cd clone5 &&
-               test ! -d nested1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir d nested1/.git &&
                git submodule update --init --recursive --reference="$(dirname "$PWD")/common objects" &&
-               test -d nested1/.git &&
-               test -d nested1/nested2/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/.git &&
-               test -f nested1/.git/objects/info/alternates &&
-               test -f nested1/nested2/.git/objects/info/alternates &&
-               test -f nested1/nested2/nested3/.git/objects/info/alternates
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git &&
+               test -f .git/modules/nested1/objects/info/alternates &&
+               test -f .git/modules/nested1/modules/nested2/objects/info/alternates &&
+               test -f .git/modules/nested1/modules/nested2/modules/nested3/objects/info/alternates
        )
 '
 
        git clone super clone6 &&
        (
                cd clone6 &&
-               test ! -d sub1/.git &&
-               test ! -d sub2/.git &&
-               test ! -d sub3/.git &&
-               test ! -d nested1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
                git submodule update --init --recursive -- nested1 &&
-               test ! -d sub1/.git &&
-               test ! -d sub2/.git &&
-               test ! -d sub3/.git &&
-               test -d nested1/.git &&
-               test -d nested1/nested2/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/.git &&
-               test -d nested1/nested2/nested3/submodule/.git
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub1/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub2/.git &&
+               test_must_fail git rev-parse --resolve-git-dir sub3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/.git &&
+               git rev-parse --resolve-git-dir nested1/nested2/nested3/submodule/.git
        )
 '