char basebuf[PATH_MAX];
 };
 
-extern int common_prefix(const char **pathspec);
-
 #define MATCHED_RECURSIVELY 1
 #define MATCHED_FNMATCH 2
 #define MATCHED_EXACTLY 3
 extern int match_pathspec(const char **pathspec, const char *name, int namelen, int prefix, char *seen);
 
-extern int read_directory(struct dir_struct *, const char *path, const char *base, int baselen, const char **pathspec);
+extern int fill_directory(struct dir_struct *dir, const char **pathspec);
+extern int read_directory(struct dir_struct *, const char *path, int len, const char **pathspec);
 
 extern int excluded(struct dir_struct *, const char *, int *);
 extern void add_excludes_from_file(struct dir_struct *, const char *fname);
 extern int is_empty_dir(const char *dir);
 
 extern void setup_standard_excludes(struct dir_struct *dir);
-extern int remove_dir_recursively(struct strbuf *path, int only_empty);
+
+#define REMOVE_DIR_EMPTY_ONLY 01
+#define REMOVE_DIR_KEEP_NESTED_GIT 02
+extern int remove_dir_recursively(struct strbuf *path, int flag);
 
 /* tries to remove the path with empty directories along it, ignores ENOENT */
 extern int remove_path(const char *path);