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@@ -47,10 +47,10 @@ static int mark_valid(const char *path)
        if (0 <= pos) {
                switch (mark_valid_only) {
                case MARK_VALID:
-                       active_cache[pos]->ce_flags |= htons(CE_VALID);
+                       active_cache[pos]->ce_flags |= CE_VALID;
                        break;
                case UNMARK_VALID:
-                       active_cache[pos]->ce_flags &= ~htons(CE_VALID);
+                       active_cache[pos]->ce_flags &= ~CE_VALID;
                        break;
                }
                cache_tree_invalidate_path(active_cache_tree, path);
@@ -95,7 +95,7 @@ static int add_one_path(struct cache_entry *old, const char *path, int len, stru
        size = cache_entry_size(len);
        ce = xcalloc(1, size);
        memcpy(ce->name, path, len);
-       ce->ce_flags = htons(len);
+       ce->ce_flags = len;
        fill_stat_cache_info(ce, st);
        ce->ce_mode = ce_mode_from_stat(old, st->st_mode);
 
@@ -139,7 +139,7 @@ static int process_directory(const char *path, int len, struct stat *st)
        /* Exact match: file or existing gitlink */
        if (pos >= 0) {
                struct cache_entry *ce = active_cache[pos];
-               if (S_ISGITLINK(ntohl(ce->ce_mode))) {
+               if (S_ISGITLINK(ce->ce_mode)) {
 
                        /* Do nothing to the index if there is no HEAD! */
                        if (resolve_gitlink_ref(path, "HEAD", sha1) < 0)
@@ -183,7 +183,7 @@ static int process_file(const char *path, int len, struct stat *st)
        int pos = cache_name_pos(path, len);
        struct cache_entry *ce = pos < 0 ? NULL : active_cache[pos];
 
-       if (ce && S_ISGITLINK(ntohl(ce->ce_mode)))
+       if (ce && S_ISGITLINK(ce->ce_mode))
                return error("%s is already a gitlink, not replacing", path);
 
        return add_one_path(ce, path, len, st);
@@ -226,7 +226,7 @@ static int add_cacheinfo(unsigned int mode, const unsigned char *sha1,
        ce->ce_flags = create_ce_flags(len, stage);
        ce->ce_mode = create_ce_mode(mode);
        if (assume_unchanged)
-               ce->ce_flags |= htons(CE_VALID);
+               ce->ce_flags |= CE_VALID;
        option = allow_add ? ADD_CACHE_OK_TO_ADD : 0;
        option |= allow_replace ? ADD_CACHE_OK_TO_REPLACE : 0;
        if (add_cache_entry(ce, option))
@@ -246,14 +246,14 @@ static void chmod_path(int flip, const char *path)
        if (pos < 0)
                goto fail;
        ce = active_cache[pos];
-       mode = ntohl(ce->ce_mode);
+       mode = ce->ce_mode;
        if (!S_ISREG(mode))
                goto fail;
        switch (flip) {
        case '+':
-               ce->ce_mode |= htonl(0111); break;
+               ce->ce_mode |= 0111; break;
        case '-':
-               ce->ce_mode &= htonl(~0111); break;
+               ce->ce_mode &= ~0111; break;
        default:
                goto fail;
        }
@@ -387,7 +387,7 @@ static void read_index_info(int line_termination)
 }
 
 static const char update_index_usage[] =
-"git-update-index [-q] [--add] [--replace] [--remove] [--unmerged] [--refresh] [--really-refresh] [--cacheinfo] [--chmod=(+|-)x] [--assume-unchanged] [--info-only] [--force-remove] [--stdin] [--index-info] [--unresolve] [--again | -g] [--ignore-missing] [-z] [--verbose] [--] <file>...";
+"git update-index [-q] [--add] [--replace] [--remove] [--unmerged] [--refresh] [--really-refresh] [--cacheinfo] [--chmod=(+|-)x] [--assume-unchanged] [--info-only] [--force-remove] [--stdin] [--index-info] [--unresolve] [--again | -g] [--ignore-missing] [-z] [--verbose] [--] <file>...";
 
 static unsigned char head_sha1[20];
 static unsigned char merge_head_sha1[20];
@@ -567,7 +567,7 @@ int cmd_update_index(int argc, const char **argv, const char *prefix)
        int lock_error = 0;
        struct lock_file *lock_file;
 
-       git_config(git_default_config);
+       git_config(git_default_config, NULL);
 
        /* We can't free this memory, it becomes part of a linked list parsed atexit() */
        lock_file = xcalloc(1, sizeof(struct lock_file));
@@ -593,6 +593,10 @@ int cmd_update_index(int argc, const char **argv, const char *prefix)
                                refresh_flags |= REFRESH_QUIET;
                                continue;
                        }
+                       if (!strcmp(path, "--ignore-submodules")) {
+                               refresh_flags |= REFRESH_IGNORE_SUBMODULES;
+                               continue;
+                       }
                        if (!strcmp(path, "--add")) {
                                allow_add = 1;
                                continue;
@@ -738,7 +742,7 @@ int cmd_update_index(int argc, const char **argv, const char *prefix)
                            get_index_file(), strerror(lock_error));
                }
                if (write_cache(newfd, active_cache, active_nr) ||
-                   close(newfd) || commit_locked_index(lock_file))
+                   commit_locked_index(lock_file))
                        die("Unable to write new index file");
        }